Начинайте с возражений на акт — это ещё до решения, и там можно снять часть доначислений. Дальше обязательна жалоба в вышестоящий налоговый орган: без неё суд иск не примет. Сроки короткие, пропуск без уважительной причины лишит обжалования. Чтобы не списали деньги, подавайте ходатайство об обеспечительных мерах — приостановление действия решения или запрет списания. Позиция строится на реальности операций, деловой цели и должной осмотрительности, плюс проверка процессуальных нарушений. Разбор стратегии и этапов вот тут:
спор с налоговой по доначислениям. Если сумма крупная, берите юриста на этап возражений.